V tříkolové základní části sehraje každý z účastníků 51 utkání. Čtyři nejlépe umístěná mužstva postoupí přímo do play off, celky na páté až dvanácté příčce se střetnou v předkole. Pro mužstva umístěná na třináctém až osmnáctém místě soutěž po základní části skončí.
Předkolo play off se bude hrát na tři, zatímco vlastní play off na čtyři vítězná utkání. Vítěz vyřazovací části získá právo účasti v Tipsport extralize 2021/22, přičemž podle návrhu klubů a s přihlédnutím k mimořádným okolnostem, které sezónu doprovázejí, bude Chance liga v ročníku 2020/21 nesestupová.
Podmínkou postupu do další fáze soutěže bude, aby mužstvo sehrálo v její základní části alespoň polovinu utkání. Zápasy základní části, které nebude možné vzhledem ke karanténním opatřením sehrát podle rozpisu, se musí uskutečnit do čtyřiceti dnů po původním termínu, jinak budou považovány za nesehrané. V případě, že některé z mužstev nesehraje v základní části všechna utkání, do tabulky mu bude započítán průměrný bodový zisk. Zápasy play off, které nebude možné kvůli karanténním opatřením sehrát vůbec, budou kontumovány s tím, že pokud by se opatření týkala obou zúčastněných mužstev, může být série rozhodnutím sportovně-technické komise ČSLH zkrácena. V případě, že by musela být předčasně ukončena celá vyřazovací část, právo postupu do Tipsport extraligy v sezóně 2021/22 získá klub, který dosáhl nejlepšího umístění v základní části a ke dni ukončení soutěže nebyl vyřazen z play off.
Výkonný výbor ČSLH schválil rovněž herní systém II. ligy ČR. V základní části bude čtyřiadvacet účastníků rozděleno podle územního principu do třech skupin, v nichž se střetnou šestikolově každý s každým. Vítězové skupin se následně utkají bez započítání předchozích výsledků dvoukolově každý s každým, přičemž nejlepší mužstvo získá právo účasti v Chance lize pro sezónu 2021/22.